Berdasarkan Peraturan BPOM Nomor 22 Tahun 2020, Balai Pengawas Obat dan Makanan di Sofifi menyelenggarakan fungsi :
a. penyusunan rencana, program, dan anggaran di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
b. pelaksanaan pemeriksaan fasilitas produksi Obat dan Makanan;
c. pelaksanaan pemeriksaan fasilitas distribusi Obat dan Makanan dan fasilitas pelayanan kefarmasian;
d. pelaksanaan sertifikasi produk dan fasilitas produksi dan distribusi Obat dan Makanan;
e. pelaksanaan sampling Obat dan Makanan;
f. pelaksanaan pemantauan label dan iklan Obat dan Makanan;
g. pelaksanaan pengujian rutin Obat dan Makanan;
h. pelaksanaan pengujian Obat dan Makanan dalam rangka investigasi dan penyidikan;
i. pelaksanaan cegah tangkal, intelijen dan penyidikan terhadap pelanggaran ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
j. pelaksanaan pemantauan peredaran Obat dan Makanan melalui siber;
k. pengelolaan komunikasi, informasi, edukasi, dan pengaduan masyarakat di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
l. pelaksanaan kerja sama di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
m. pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan di bidang pengawasan Obat dan Makanan;
n. pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga; dan
o. pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Kepala Badan.